部分剧情的逻辑漏洞会直接打断玩家的沉浸感。作为基于知名国漫IP改编的手游，其剧情很大程度上承袭了原著的框架，但原著动画在某些复杂权谋情节的编排上本身就存在难以自圆其说的矛盾之处。有分析指出动画中海月小筑刺杀案等桥段，在角色行为动机和线索关联上设计得较为混乱，出现了关键人物身处险境却未利用手中现有资源进行合理追查的叙事断层。当这类逻辑上经不起推敲的情节被移植到手游中时，玩家在体验过程中很容易产生疑惑和抽离感，从而难以跟随剧情发展深入其中。
剧情推进的停滞与臃肿是另一个影响代入感的核心问题。成功的剧情体验需要清晰的主线驱动和合理的节奏，但该系列故事由于涉及角色众多且关系错综复杂，不可避免地陷入了叙事焦点分散的困境。有观点认为，故事在长期发展中因各种顾虑导致了人物不敢死，主角不敢长大的局面，使得剧情在关键矛盾点上徘徊不前，缺乏决定性的推进。当手游试图涵盖这些庞杂且进展缓慢的剧情线时，就容易给玩家带来流水账式的体验，每一段情节似乎都在铺垫，却迟迟无法迎来情绪释放或真相揭示的高潮，这种等待感会不断消磨玩家的耐心与专注力。
游戏改编过程中对原著内容的取舍与融合也时常显得生硬。手游并非对动画剧情的完全复刻，为了适配游戏玩法和推出新内容，开发者往往需要增加原创情节或对原有故事进行改编。如果新增剧情与原有世界观、人物性格契合度不高，就会产生明显的拼接感。虽然游戏版本更新会加入所谓动漫未公映的新剧情，但其是否能够自然嵌入既定的故事脉络而不显突兀，则非常考验编剧的功力。一旦玩家察觉到某段剧情纯粹是为了推出新角色、新系统而服务，而非故事的自然延伸，其精心营造的江湖氛围和史诗感便会大打折扣。
多款手游并存的局面进一步加剧了剧情体验的碎片化。秦时明月这一IP下衍生了多款不同玩法、不同设定甚至由不同团队开发的手游作品。市面上同时存在新秦时明月、秦时明月3等名称相似但内容独立的产品。对于试图通过游戏来重温或探索这一IP剧情的玩家而言，面对多个平行且可能互不关联的游戏剧情，很难建立起一个统一、连贯的认知。每款游戏都可能提供对角色和事件的不同解读或侧重点，这种不一致性会让玩家感到困惑，无法确定哪个版本才是可信的故事，从而难以在任何一个单一的游戏世界中完全投入。
游戏机制与叙事体验的割裂也构成了无形的障碍。手游作为互动娱乐产品，其核心驱动往往是角色养成、资源收集与强度竞争。当玩家需要频繁中断剧情观看，去处理升级、装备强化、队伍配置等事务时，叙事的情感流和紧张感就会被不断打断。尽管有观点认为游戏应努力将世界观和情感通过文字与影音传递给玩家形成沉浸感，但实际的游戏流程设计常常让剧情沦为玩法的附庸或背景介绍。玩家在不断弹出的任务提示、资源奖励和战力对比中，很容易从剧情营造的侠客心境中脱离出来，转而关注更实际的数值成长问题，这使得深度入戏变得尤为困难。
