忍者选择直接影响团队效率与通关成功率。优先考虑技能范围广、输出稳定的忍者，例如秽土转生三代火影、须佐能乎宇智波鼬等。这类忍者不仅能快速清理小怪，还能对BOSS造成高额伤害，尤其适合忍界大战等多人协作副本。秽土三代火影的技能覆盖范围大，且具备持续输出能力，而须佐能乎宇智波鼬则凭借无敌帧和爆发伤害成为团本热门选择。
团本中的BOSS战往往需要特定机制处理，因此忍者功能性同样重要。例如佩恩入侵团本中，奇拉比和照美冥因其技能特性成为优选。奇拉比的尾兽化状态能提供稳定输出，而照美冥的溶遁技能可有效压制敌人行动。部分忍者具备独特的增益或减益效果，如少年奇拉比能为队友提供攻击加成，这类辅助型忍者在团队中能显著提升整体输出效率。
面对高难度团本如修罗模式，忍者的生存能力与技能衔接至关重要。推荐使用具备霸体或无敌效果的忍者，例如红夜带土，其虚化技能可规避关键伤害，而宇智波斑等忍者则能通过范围技能压制战场。合理搭配秘卷和通灵兽可弥补忍者短板，例如携带霸体秘卷增强容错率，或使用控制型通灵兽创造输出窗口。
团队协作是团本通关的核心，忍者选择需兼顾个人操作与队伍配合。若队伍缺乏控制，可选用奈良鹿丸等具备抓取能力的忍者；若需快速清理杂兵，则优先考虑油女志乃等范围伤害型角色。副本阶段不同可能导致最优忍者组合变化，例如忍界大战团本尾兽化阶段需集中爆发，须佐鼬或秽土三代的奥义技能可发挥关键作用。
玩家应根据副本需求、自身操作习惯及团队配置灵活调整选择，同时注重技能释放时机与走位规避伤害，方能最大化团队收益。
